기본적인 정보를 먼저 정리해보면 2007년에 어머님명의의 아파트를 증여받았고, 현재 가액이 5400만원인 아파트를 계속 보유하다가 형제에게 명의를 넘기는 경우를 말하는 것 같습니다.

먼저 증여세는 증여받은 사람이 내는 것이고, 양도소득세는 파는 사람이 차액이 발생 했을 경우 내는 세금입니다.

양도가 성립하려면 형제에게 돈을 받고 팔았다는 증빙이 필요하겠네요.

양도의 경우를 먼저 본다면 증여당시(2007년) 가액을 모르기 때문에 정확하지는 않지만, 아파트의 가격이 저렴한 편이어서 차액이 많이 발생 하지는 않을 것이라 봅니다. 그런데 여기 정보로는 이 주택만 보유한 것인지, 다른 주택도 있다는 것인지(1세대 1주택 여부 확인)를 확인 하기 어렵네요. 만약 1세대 1주택이라면 양도소득세는 아예 대상이 아니구요.

1세대 1주택이 아니고, 양도차액이 1천만원 발생 했다고 한다면, 장기보유특별공제 300만원, 기본공제 250만원, 적용이 되어서 과세표준 450만원의 6% 27만원 정도가 대략 계산해본 양도소득세입니다.

증여의 경우 담보대출을 승계하여 증여한다고 하면(부담부 증여), 실제 증여재산 가액은 5400만원에서 2500만원을 제외한 2900만원을 형제에게 증여하는 형태가 될것입니다. 그리고 담보대출금 2500만원에 대해서는 세법상 팔았다고 보기 때문에 양도소득세가 부가 되는 부분이구요. 즉 부담부증여를 하게 되면, 세금이 증여세와 양도소득세가 동시에 납부의무가 발생한다고 볼 수 있습니다. 

다만 현재의 부동산 가액이 낮은 편이고 각종 공제 혜택이 있기 때문에 실제 세금의 액수는 크지 않으리라 봅니다.

정확한 액수는 구체적인 사실 관계를 따져봐야만 가능 할 것 같습니다.

참고로, 주택을 구입(양도절차를 밟아서) 한 경우는 1.1%의 취득세를 내야되고, 증여 받은 경우에는 4%의 취득세를 내야 합니다.